از مراجع تقلید شیعیان با بیان اینکه شهادت رهبر انقلاب، اگرچه ضایعه بسیار سنگین است گفت: این شهادت ها، بهای عزت، استقلال و مقدمۀ ظهور حضرت ولیعصر (ارواحنا فداه) خواهد بود.
همزمان با اعلام خبر شهادت حضرت آیت الله العظمی امام خامنهای، پرچم سرخ یا لثارات الحسین به نشانه انتقام بر فراز گنبد آبی رنگ مسجد مقدس جمکران به اهتزاز درآمد.
آیت الله نوری همدانی در پیامی اعلام کرد: شهادت رهبر حکیم و شجاع انقلاب اسلامی ایران حضرت آیت الله خامنهای «رضواناللهتعالیعلیه» پاداش یک عمر اخلاص مجاهدت و بندگی بود.
سید علی خمینی با بیان اینکه ملت ما عزادار رهبر بزرگ خود است، گفت: با شهادت رهبر انقلاب هیچ گونه خلل قانونی در کشور ما ایجاد نمیشود و مردم ایران اسلامی حتی یک روز از آرمانهای خود عقب نمینشیند.
آیتالله سیدمحمد سعیدی امام جمعه قم و اکبر بهنامجو استاندار قم در پیامی، شهادت سرافرازانه مرجع و رهبر عظیمالشأن اسلام امام خامنهای (قدسسره) را به امت اسلام، ملت غیرتمند ایران و مردم شریف استان قم تسلیت گفتند.
مدیر حوزههای علمیه در بیانیه اعلام کرد: امام شهید و عالیقدر ما منظومهای از فضیلتهای بی شمار و کهکشانی از ویژگیهای ممتاز بودند که جلوههای آن شخصیت یگانه در ایران و جهان درخشید و معادلات جهان را تغییر داد.
برگزاری کلاسهای آموزش قرآن ویژه ناشنوایان و کمشنوایان در قم با استقبال روزانه صدها قرآنآموز همراه شده و این دورهها تا پایان ماه مبارک رمضان ادامه دارد.
مرکز مدیریت حوزههای علمیه کشور در بیانیهای با محکومیت تجاوز نظامی آمریکایی صهیونیستی به خاک میهن اسلامی تصریح کرد: به یاری خداوند بزرگ این بار هم ملت بزرگ ایران در این مقطع تاریخی و سرنوشت ساز در برابر نقشههای اهریمنی جهانخواران خواهد ایستاد و صفحهای زرین در تاریخ اسلام و ایران رقم خواهد زد.
استانداری قم در اطلاعیهای با لغو مرخصی همه مدیران اعلام کرد: ادارات استان نیز باید با حداقل ۵۰ درصد ظرفیت به فعالیت خود و خدمترسانی به مردم ادامه میدهند.